Analisis aktivitas inhibisi kuersetin pada bawang merah (Allium cepa L.) terhadap penetrasi SARS-CoV-2 menggunakan metode molecular docking

Abstract

Pada penelitian ini, bawang merah (Alium cepa L.) diekstraksi untuk mengeluarkan senyawa flavonoid yaitu kuersetin yang akan digunakan sebagai inhibitor penetrasi SARS-CoV-2 terhadap dalam reseptor ACE2. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui aktivitas inhibisi yang terjadi antara senyawa flavonoid kuersetin dengan protein S pada SARS-CoV-2 sebagai pencegahan penetrasi SARS-CoV-2 pada ACE2. Dengan melakukan kajian naratif serta penelitian in silico diketahui bahwa senyawa kuersetin memiliki afinitas ikatan yang tinggi dan memiliki interaksi ikatan yang baik dengan protein spike pada SARS-CoV-2. Kemudian dilakukan penelitian in silico untuk mengetahui aktivitas inhibisi kuersetin. Proses Molecular Docking antara kuersetin (CID: 5320844) dan protein spike SARS-CoV-2 (PDB ID:6VSB) dilakukan dengan menggunakan aplikasi PyRx yang terintegrasi dengan Vina Wizard. Grid. Visualisasi hasil docking dilakukan melalui aplikasi Discovery Studio Visualizer. Kuersetin menunjukan hasil energi ikat terendah dan identik sebesar -7.5 kkal/mol Merujuk hal tersebut, kuersetin membentuk ikatan hidrogen dengan asam amino PRO 1057, SER 730, THR 778, GLN 853. Selain itu membentuk ikatan Pi-Alkyl dengan asam amino VAL 860 dan ALA 956. Ikatan Pi-cation juga ditemukan pada asam amino HIS 1058 pada gugus aktif untai Aprotein spike SARS-CoV-2. Hasil nilai RMSD sebesar 1,896 menunjukkan bahwa hasil Molecular Docking yang dilakukan adalah valid. beserta latar belakangnya, tujuan penelitian, temuan dan kesimpulan.