Analisis aktivitas inhibisi kuersetin pada bawang merah (Allium cepa L.) terhadap penetrasi SARS-CoV-2 menggunakan metode molecular docking

  • Syifa Zahara Kultsum Azmi Universitas Dipenogoro
    (ID)
  • Sinta Aulia Rahmah Universitas Dipenogoro
  • Melisa Andriani Universitas Dipenogoro
  • Reza Lailul Farobi Universitas Diponegoro
  • Azlya Luke Nur Ahlina Universitas Diponegoro
  • Sunarno Sunarno Universitas Dipenogoro
DOI: https://doi.org/10.24252/psb.v7i1.24679

Abstrak

Pada penelitian ini, bawang merah (Alium cepa L.) diekstraksi untuk mengeluarkan senyawa flavonoid yaitu kuersetin yang akan digunakan sebagai inhibitor penetrasi SARS-CoV-2 terhadap dalam reseptor ACE2. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui aktivitas inhibisi yang terjadi antara senyawa flavonoid kuersetin dengan protein S pada SARS-CoV-2 sebagai pencegahan penetrasi SARS-CoV-2 pada ACE2. Dengan melakukan kajian naratif serta penelitian in silico diketahui bahwa senyawa kuersetin memiliki afinitas ikatan yang tinggi dan memiliki interaksi ikatan yang baik dengan protein spike pada SARS-CoV-2. Kemudian dilakukan penelitian in silico untuk mengetahui aktivitas inhibisi kuersetin. Proses Molecular Docking antara kuersetin (CID: 5320844) dan protein spike SARS-CoV-2 (PDB ID:6VSB) dilakukan dengan menggunakan aplikasi PyRx yang terintegrasi dengan Vina Wizard. Grid. Visualisasi hasil docking dilakukan melalui aplikasi Discovery Studio Visualizer. Kuersetin menunjukan hasil energi ikat terendah dan identik sebesar -7.5 kkal/mol Merujuk hal tersebut, kuersetin membentuk ikatan hidrogen dengan asam amino PRO 1057, SER 730, THR 778, GLN 853. Selain itu membentuk ikatan Pi-Alkyl dengan asam amino VAL 860 dan ALA 956. Ikatan Pi-cation juga ditemukan pada asam amino HIS 1058 pada gugus aktif untai Aprotein spike SARS-CoV-2. Hasil nilai RMSD sebesar 1,896 menunjukkan bahwa hasil Molecular Docking yang dilakukan adalah valid. beserta latar belakangnya, tujuan penelitian, temuan dan kesimpulan.

##submission.authorBiographies##

##submission.authorWithAffiliation##
Prodi Biologi, Fakultas Sains dan Matematika
##submission.authorWithAffiliation##
Prodi Biologi, Fakultas Sains dan Matematika
##submission.authorWithAffiliation##
Prodi Biologi, Fakultas Sains dan Matematika
##submission.authorWithAffiliation##
Prodi Kimia, Fakultas Sains dan Matematika
##submission.authorWithAffiliation##
Prodi Teknik Kimia, Fakultas Teknik
##submission.authorWithAffiliation##
Prodi Biologi, Fakultas Sains dan Matematika
Diterbitkan
2021-11-23
Terbitan
Vol 7 No 1 (2021): PROSIDING BIOLOGI ACHIEVING THE SUSTAINABLE DEVELOPMENT GOALS WITH BIODIVERSITY IN CONFRONTING CLIMATE CHANGE (NOVEMBER 2021)
Bagian
Artikel

##submission.copyrightStatement##

##submission.license.cc.by4.footer##

This journal provides immediate open access to its content on the principle that making research freely available to the public supports a greater global exchange of knowledge.

All articles published Open Access will be immediately and permanently free for everyone to read and download. We are continuously working with our author communities to select the best choice of license options: Creative Commons Attribution (CC BY)

Authors and readers can copy and redistribute the material in any medium or format, as well as remix, transform, and build upon the material for any purpose, even commercially, but they must give appropriate credit (cite to the article or content), provide a link to the license, and indicate if changes were made.

The Authors submitting a manuscript do so on the understanding that if accepted for publication, copyright of the article shall be assigned to Biogenesis: Jurnal Ilmiah Biologi as publisher of the journal.

Abstrak viewed = 749 times