Studi in silico DNA barcoding pada bunga soka (Ixora)

Abstract

Ixora merupakan genus tumbuhan dari famili Rubiaceae yang memiliki lebih dari 500 spesies. Genus ini, tersebar di area tropis Asia dan Afrika dengan keragaman terbesar tersebar di Asia Tenggara. Di Indonesia, Ixora dinamakan juga bunga Soka dan populer sebagai tanaman hias. Bunga Soka memiliki bentuk yang menarik dan warna bunga yang bervariasi. Penelitian DNA barcoding mengenai tumbuhan Ixora belum banyak dilakukan, oleh karena itu diperlukan studi awal yang bertujuan menganalisis kekerabatan Ixora dengan menggunakan sekuen gen rbcL,trnL, dan matK berbasis in silico. Metode yang dilakukan dalam DNA barcoding bunga Soka Ixora adalah dengan studi in silico menggunakan Genbank (NCBI). Sekuen DNA dikoleksi dari basis data NCBI dengan mencari nama spesies dan gen yang digunakan yaitu  matK, rbcL, dan trnL. Selanjutnya data dianalisis menggunakan CLUSTAL W untuk menentukan tingkat homologi antar sekuen melalui penjajaran sekuen, identifikasi sekuen yang berpotensi sebagai barcode, dan rekosntruksi pohon filogenetik menggunakan MEGA X. Hasil studi in silico menunjukkan bahwa penjajaran dengan menggunakan lokus trnL, matK dan rbcL memiliki tingkat homologi yang relatif tinggi. Akan tetapi, gen rbcL memberikan gambaran yang informatif mengenai topologi pohon kekerabatan molekuler dari Ixora pada tingkat spesies dibandingkan dengan gen trnL dan gen matK. Selain itu, gen rbcL diketahui dapat memperlihatkan karakter spesifik dari Ixora sehingga diduga dapat dijadikan sebagai barcode untuk mengidentifikasi spesies-spesies Ixora di Kebun Raya Bogor melalui pendekatan molekuler.