Mini Review: Pendekatan molekuler DNA barcoding: Studi kasus identifikasi dan analisis filogenetik Syzygium (Myrtaceae)
Abstrak
Syzygium adalah salah satu genus terbesar dalam famili Myrtaceae yang terdiri dari sekitar 1200-1800 spesies. Spesiesnya hanya diketahui sebanyak 1.123 spesies (81,7%) dan sebanyak 240 (17,5%) adalah sinonim dari nama spesies tersebut. Hal ini disebabkan sulitnya identifikasi spesies Syzygium berdasarkan karakter morfologis. Beberapa spesies menunjukkan karakter yang tumpang tindih, terutama bunganya. Tingkat kepercayaan penempatan taksa untuk Syzygium adalah 98,0%. Identifikasi berbasis karakter morfologis terkadang tidak dapat diandalkan, karena dapat dipengaruhi oleh lingkungan sehingga menyebabkan kesulitan dalam proses identifikasi. DNA barcoding sebagai salah satu pendekatan molekuler yang dapat diandalkan mampu mengidentifikasi spesimen menggunakan fragmen sekuen gen yang sangat pendek (gen penanda). Gen MaturaseK (matK), Rubisco (rbcL), internal transcribed spacer (ITS) adalah gen-gen penanda yang digunakan dalam DNA barcoding tanaman. Gen-gen tersebut memiliki peran penting dalam identifikasi spesies, distribusi genetik spesies serta dalam rekonstruksi filogenetik tanaman. Dalam ulasan ini, penggunaan gen-gen dalam pendekatan DNA barcoding di genus Syzygium akan dipaparkan dengan jelas. Pada Myrtaceae, khususnya genus Syzygium, gen penanda daerah internal transcribed spacer (ITS), ETS, trnL-trnF intergenic spacer, psbA-trnH intergenic spacer, matK, rbcL, dan ndhF telah berhasil diaplikasikan. Meskipun tidak ada satu sekuen spesifik penanda (barcode) yang relatif cocok dan direkomendasikan sebagai standar untuk DNA barcoding genus Syzygium. Namun demikian, ada beberapa kandidat sekuen yang menjanjikan, seperti yang disebutkan di atas yang telah terbukti bermanfaat dalam beberapa kondisi.
Syzygium adalah salah satu genus terbesar dalam famili Myrtaceae yang terdiri dari sekitar 1200-1800 spesies. Spesiesnya hanya diketahui sebanyak 1.123 spesies (81,7%) dan sebanyak 240 (17,5%) adalah sinonim dari nama spesies tersebut. Hal ini disebabkan sulitnya identifikasi spesies Syzygium berdasarkan karakter morfologis. Beberapa spesies menunjukkan karakter yang tumpang tindih, terutama bunganya. Tingkat kepercayaan penempatan taksa untuk Syzygium adalah 98,0%. Identifikasi berbasis karakter morfologis terkadang tidak dapat diandalkan, karena dapat dipengaruhi oleh lingkungan sehingga menyebabkan kesulitan dalam proses identifikasi. DNA barcoding sebagai salah satu pendekatan molekuler yang dapat diandalkan mampu mengidentifikasi spesimen menggunakan fragmen sekuen gen yang sangat pendek (gen penanda). Gen MaturaseK (matK), Rubisco (rbcL), internal transcribed spacer (ITS) adalah gen-gen penanda yang digunakan dalam DNA barcoding tanaman. Gen-gen tersebut memiliki peran penting dalam identifikasi spesies, distribusi genetik spesies serta dalam rekonstruksi filogenetik tanaman. Dalam ulasan ini, penggunaan gen-gen dalam pendekatan DNA barcoding di genus Syzygium akan dipaparkan dengan jelas. Pada Myrtaceae, khususnya genus Syzygium, gen penanda daerah internal transcribed spacer (ITS), ETS, trnL-trnF intergenic spacer, psbA-trnH intergenic spacer, matK, rbcL, dan ndhF telah berhasil diaplikasikan. Meskipun tidak ada satu sekuen spesifik penanda (barcode) yang relatif cocok dan direkomendasikan sebagai standar untuk DNA barcoding genus Syzygium. Namun demikian, ada beberapa kandidat sekuen yang menjanjikan, seperti yang disebutkan di atas yang telah terbukti bermanfaat dalam beberapa kondisi.
##submission.copyrightStatement##
##submission.license.cc.by4.footer##This journal provides immediate open access to its content on the principle that making research freely available to the public supports a greater global exchange of knowledge.
All articles published Open Access will be immediately and permanently free for everyone to read and download. We are continuously working with our author communities to select the best choice of license options: Creative Commons Attribution (CC BY)
Authors and readers can copy and redistribute the material in any medium or format, as well as remix, transform, and build upon the material for any purpose, even commercially, but they must give appropriate credit (cite to the article or content), provide a link to the license, and indicate if changes were made.
The Authors submitting a manuscript do so on the understanding that if accepted for publication, copyright of the article shall be assigned to Biogenesis: Jurnal Ilmiah Biologi as publisher of the journal.