DNA barcoding pada Familia Bovidae berdasarkan gen Co1 (Cytochrome C Oxydase Sub Unit 1)

Abstract

DNA barcoding merupakan suatu teknik identifikasi spesies berbasis molekuler dengan menggunakan gen Cytochrome C Oxydase Subunit 1 (CO1). DNA barcoding terhadap famili Bovidae berguna dalam rangka identifikasi spesies, monitoring perdagangan daging ternak, penegakkan hukum, serta klarifikasi spesies dalam suatu produk pangan yang berasal dari hewan ternak. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efektivitas gen CO1 sebagai DNA barcode dengan melihat  jarak genetik antar-spesies dan inter-spesies Bovidae dengan spesies outgrup serta kekerabatan spesies dalam konstruksi filogenetik. Analisis sekuen CO1 dilakukan terhadap tujuh spesies Bovidae dan dua spesies out grup. Data sekuen CO1 diperoleh dari NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) lalu dilakukan analisis jarak genetik dan filogenetik menggunakan metode neighbor-joining (NJ) pada software Moleculer Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) versi 6. Hasil penelitian menunjukkan jarak genetik intra-spesies Bovidae berkisar antara 0,044-0,69% dengan jarak terendah terlihat pada spesies Bos taurus (0,044%) dan tertinggi pada spesies Bos javanicus (4,69%). Sedangkan jarak genetik inter-spesies berkisar antara 2,2-24,6% dengan jarak tertinggi ditunjukkan oleh Bos javanicus dan spesies outgrup yakni sebesar 24,6% (rata-rata ±2,2-0,05%). Sekuen gen CO1 pada spesies famili Bovidae menunjukkan adanya variasi yang tinggi antar-spesies namun rendah dalam spesies (intra-spesies). Oleh karena itu, gen CO1 efektif digunakan sebagai DNA barcode pada famili Bovidae.