STUDI INSILICOHUBUNGAN KUANTITATIF STRUKTUR-AKTIVITAS (HKSA)SENYAWA TURUNAN BENZIMIDAZOLE, DOCKING MOLEKUL, PENELUSURAN FARMAKOFOR, VIRTUAL SCREENING, UJI TOKSISITAS, PROFIL FARMAKOKINETIK SEBAGAI ANTI-TUBERKULOSIS

Abstract

Telah dilakukan Telah dilakukan penelitian studi hubungan kuantitatif struktur-aktivitas (HKSA), docking molekul, penelusuran farmakofor, virtual screening, uji toksisitas, dan profil farmakokinetik pada turunan Benzimidazole sebagai inhibitor DNA Gyrase pada penyakit Tuberkulosis secara in silico. Penelitian ini bertujuan untuk menemukan model persamaan HKSA senyawa, menemukan fitur-fitur farmakofor senyawa yang  bertanggung jawab atas aktivitas dan selektivitas DNA Gyrase, serta memilih senyawa hasil virtual screening yang kemudian ditentukan profil farmakokinetik, toksisitas, dan toksisitas metabolit untuk pengobatan Tuberkulosis. Prosedur dimulai dengan pemodelan dan optimasi geometri struktur molekul pada perangkat lunak HyperChem 8.0. Optimasi geometri dilakukan dengan metode Ab initio. Perhitungan Deskriptor HKSA, penentuan fitur farmakofor dan docking molekul dilakukan  dengan menggunakan perangkat lunak MOE 2009. Selanjutnya pengujian toksisitas dengan perangkat lunak Toxtree dan AdmetSAR, serta penentuan profil farmakokinetik dengan menggunakan program berbasis web PreADME dilakukan untuk 150.000 senyawa natural product dari zinc database. Dari penelitian didapatkan persamaan: Log 1/MIC = -8.6816 + 1.6938 AM1_LUMO + 0.0160 ASA_H – 3.9194 mr  + 0.1087 VSA, dimana r² = 0,955 dan q² = 0,8761, selanjutnya diperoleh hasil docking molekul pada protein kode 2XCS, senyawa 23 menunjukkan nilai docking score (S) -190.9309. Hasil virtual screening pada zinc database diperoleh senyawa dengan kode ZINC08964902 adalah senyawa yang paling baik diantara 150.000 senyawa yang dilihat dari sisi kecocokan pada query farmakofor, docking dengan metode farmakofor, prediksi bioavailabilitas menggunakan rule of 5 Lipinski, dan prediksi ADME/T